Vo viac ako sedemdesiatročnej histórii Ekonomickej univerzity v Bratislave mala výučba cudzích jazykov vždy významné postavnie. Poradie dôležitosti výčuby jednotlivých jazykov sa rôzne obmieňalo, čo súviselo s rozvojom obchodu, ako aj s politickým usporiadaním sveta. Na začiatku bol zriadený Ústav pre štúdium cudzích jazykov a už v prvom školskom roku vtedajšej Vysokej obchodnej školy (1940/1941) bola povinným jazykom nemčina. Okrem nej sa vyučovalo ďalších sedem cudzích jazykov. Ich významné postavenie vo vtedajšej odbornej príprave budúcich obchodníkov a ekonómov dokladuje aj skutočnosť, že výučba jazykov trvala počas celého osemsemestrálneho štúdia.
Vedúce postavenie medzi cudzími jazykmi neskôr prevzala ruština. V akademickom roku 1952/1953 bola popri Katedre ruského jazyka založená aj Katedra neslovanských jazykov. Ruština sa stala povinným predmetom, z ostatných cudzích jazykov si študent mohol vybrať jeden jazyk. Výučba jazykov bola rozdelená na päť semestrov. Od roku 1969 boli katedry cudzích jazykov preradené na Obchodnú fakultu.
Po spoločenských zmenách v roku 1989 si nová situácia vyžadovala riešenie aktuálnych úloh a problémov spojených s koncepciou štúdia cudzích jazykov na vtedajšej Vysokej škole ekonomickej (1953 – 1992). Na poprednom mieste bola výučba anglického jazyka.
Nová koncepcia výučby cudzích jazykov, predložená na schválenie vtedajšiemu akademickému senátu, obsahovala návrh na transformáciu katedier cudzích jazykov na Ústav jazykov a návrh na zavedenie tzv. modulového systému výučby cudzích jazykov. Dňa 1. októbra 1990 vzniká Ústav jazykov ako pedagogické a vedecko-výskumné pracovisko.
S nadobudnutím účinnosti zákona č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov došlo od akademického roka 2005/2006 k zásadným zmenám v systéme vysokoškolského štúdia na fakultách Ekonomickej univerzity v Bratislave. Na všetkých jej fakultách bol zavedený kreditový spôsob štúdia, ktorý je od akademického roka 2005/2006 kompatibilný s európskym štandardom ECTS, a ktorému bola prispôsobená aj výučba cudzích jazykov.
V období globalizácie a potreby prípravy odborných pracovníkov predovšetkým pre multikultúrne spoločnosti a organizácie bol v akademickom roku 2009/2010 otvorený 3-ročný bakalársky študijný program Cudzie jazyky a interkultúrna komunikácia v odbore Cudzie jazyky a kultúry. V nadväznosti na akreditáciu študijného programu Cudzie jazyky a interkultúrna komunikácia a v súlade s Dlhodobým zámerom rozvoja Ekonomickej univerzity v Bratislave do roku 2011 (s výhľadom do r. 2015) sa Ústav jazykov Ekonomickej univerzity v Bratislave plynulo pretransformoval od 1.6.2010 na Fakultu aplikovaných jazykov Ekonomickej univerzity v Bratislave.
V súčasnosti je Fakulta aplikovaných jazykov, zriadená dekrétom rektora Ekonomickej univerzity v Bratislave v roku 2010, jednou zo siedmich fakúlt Ekonomickej univerzity v Bratislave. (hyperlink dekrétom – Zriaďovacia listina FAJ – obrázok v jpg)
Fakulta aplikovaných jazykov Ekonomickej univerzity v Bratislave ponúka štúdium interdisciplinárneho charakteru, čím sa radí medzi moderné výchovno-vzdelávacie inštitúcie, ktoré reagujú na odlišné podmienky v jednotlivých kultúrach globalizovaného sveta. Vedeckovýskumná, publikačná, odborná a pedagogická činnosť súvisí so základným poslaním fakulty a vytvára podmienky pre umocnenie jej poslania. Systém vzdelávania na fakulte je dynamický. Charakterizuje ho neustále hľadanie optimálnych ciest na prípravu budúcich absolventov tak, aby dokázali úspešne a tvorivo riešiť úlohy, s ktorými budú konfrontovaní vo svojej každodennej praxi.