Vedeckovýskumná činnosť Fakulty aplikovaných jazykov sa rozvíja v súlade s deklarovanými cieľmi v oblasti základného a aplikovaného výskumu v disciplínach, ktoré tvoria jadro študijného programu.
V oblasti základného výskumu ide o vytváranie vedeckej bázy lingvistických, literárnovedných, kulturologických a translatologických disciplín na základe najnovších poznatkov v súlade s tendenciami rozvoja v humanitných vedách. V oblasti aplikovaného výskumu venuje fakulta pozornosť teoretickým otázkam súvisiacim s osvojovaním jazykových kompetencií, a to aj z hľadiska kognitívnych vied a v súlade s odporúčaniami Spoločného európskeho referenčného rámca pre jazyky (CEFR).
Významnými oblasťami vedeckovýskumnej činnosti sú európska jazyková politika, jazyková kultúra, lingvodidaktické aspekty komunikácie v akademickej a profesijnej sfére ako aj oblasť elektronického vzdelávania (e-learning).
Vo vedeckovýskumnej činnosti Fakulta aplikovaných jazykov:
- sa orientuje na kvalitnú vedecko-výskumnú a projektovú činnosť v oblasti humanitných a spoločenských vied,
- podporuje publikačné aktivity členov fakulty s dôrazom na kvalitu a medzinárodný význam,
- vytvára podmienky, podporuje a stimuluje odborný kvalifikačný rast členov fakulty,
- rozvíja a zintenzívňuje kvalitnú vedecko-výskumnú, projektovú a publikačnú, činnosť v oblasti humanitných a spoločenských vied s dôrazom na medzinárodný aspekt,
- zintenzívňuje prepojenie medzi výskumom a vzdelávaním,
- prehlbuje spoluprácu s fakultami univerzity vo forme spoločnej projektovej a publikačnej činnosť s dôrazom na medzinárodný aspekt (zriadenie Prekladateľského centra FAJ).